Khi cuộc nổi dậy Lê Văn Khôi nổ ra vào năm 1833, do vai trò tích cực của giáo sĩ người Pháp Joseph Marchand (Cố Du), Minh Mạng cho rằng các tín đồ Công giáo có dính líu trách nhiệm với cuộc nổi loạn này. Do đó, với chỉ dụ cấm đạo ngày 6 tháng 1 năm 1833, các tín đồ và giáo sĩ Công giáo bị truy bắt và bức ép phải bỏ đạo. Là một linh mục, giáo sĩ Anrê Trần An Dũng là đối tượng bị truy bắt gắt gao, nhiều lần phải ẩn náu tại nhà các tín đồ để thực hiện việc truyền đạo.

Năm 1835, do việc truy bắt gắt gao, ông trốn lên Kẻ Roi[lower-alpha 2] và lập nhà xứ ở đó. Trong một lần làm lễ, ông bị phục bắt cùng với 30 giáo dân. Tuy nhiên, do quan quân không biết ông là linh mục, lại được một giáo dân bỏ tiền ra chuộc về, nên ông thoát tội. Sau lần chịu nạn này, ông mới đổi tên là Lạc để tránh bị quan quân nhận biết.

Ngày 10 tháng 11 năm 1839, trong một lần sang thăm và làm lễ xưng tội với Linh mục Thi ở Kẻ Sòng.[lower-alpha 3] Lý trưởng sở tại tên là Pháp, không biết ông là linh mục, do việc trước đây ông đã đổi tên, vì vậy, ông một lần nữa được giáo dân chuộc ra.

Tuy nhiên, trên đường về, ông lại bị bắt lần nữa. Lần này do ông nhận mình là cố đạo nên được quan sở tại đưa vào giam giữ với linh mục Phêrô Trương Văn Thi và giải cả hai lên Hà Nội để xét xử. Cả hai đều bị xử trảm ngày 21 tháng 12 năm 1839 tại bãi ngoài cửa Ô Cầu Giấy (Hà Nội).